FOXP3（Forkhead box P3）是Treg（調節性T細胞）的核心轉錄因子，通過調控免疫抑制基因（如IL-10、TGF-β）的表達維持免疫穩態。作為腫瘤微環境的關鍵標志物，FOXP3在Treg細胞中高表達，其浸潤程度與乳腺癌、肺癌等患者預后顯著相關：TILs中FOXP3+細胞比例升高提示生存率下降。在腫瘤細胞中，FOXP3既可抑制致癌基因（如CCND1）發揮抑癌作用，也可能通過促進PD-L1表達誘導免疫逃逸，呈現雙重調控機制。

研究證實，在神經免疫領域，FOXP3+巨噬細胞通過增強胞葬作用和抗炎功能，顯著減輕缺血性腦卒中后的神經損傷，其表達受LC3相關自噬機制動態調控。此外，FOXP3在肺發育中與血管內皮生長因子協同促進肺泡上皮細胞增殖，其動態表達模式為早產兒肺發育研究提供新方向。